Las
primeras noticias que tenemos de la Villa de Algarinejo
son del Calcolítio del III Milenio (hace más de 5.000 años (3000 a.C.), en la Edad de Bronce) según
los análisis de los restos arqueológicos recogidos en
los yacimientos del Tajo de la Villa Vieja y en Cerro del
Almendral. Aunque posiblemente su población sea mucho anterior, ya que en la cola del Pantano de Iznájar (cuya orilla norte pertenece al término de Algarinejo) se han encontrado restos de asentamientos datados en el Paleolítico Inferior
Posteriormente,
en el siglo XV numerosas batallas se
sucedieron en el término municipal de Algarinejo, pues
como es sabido, estuvo siempre en la frontera del reino
nazarí de Granada, siendo finalmente conquistado en 1483.
Aunque se tiene constancia de un nuevo enfrentamiento en
1487 por la posesión de Xesna (Fuentes
de Cesna que, según algunas informaciones, hacia el
siglo XV era un pueblo bastante grande que estaba
habitado por árabes dedicados al comercio de joyas ) y
Pesquera entre Loja e Iznájar; y en Las Marrojas contra
Priego. Al final Algarinejo pasó a manos de Loja.
 En el siglo
XVII sería cuando Algarinejo alcanzaría su
condición de municipio, concretamente en 1614, cuando Mateo
de Lisón y Biedma lo compra por 3200 ducados al
Rey Felipe III y convirtiendo la localidad en la joya de
su marquesado. En esta fecha el cortijo de Algarinejo,
pues apenas contaba con alguna que otra casa, estaba
habitado por 117 personas contando desde 1578 con una
iglesia y personajes de importancia como un alguacil,
regidor y sacristán. Actualmente, y desde 1779,
Algarinejo cuenta con una maravillosa e inmensa iglesia
edificada según cuenta la leyenda (vease monumentos de Algarinejo), tras
el cumplimiento de una promesa. En fechas posteriores
Algarinejo fue de nuevo vendido (ya con una población de
387 habitantes) al nieto de Mateo de Lisón. Durante el
último cuarto del siglo XVII hubo una epidemia de peste
negra en España, asolando tierras de Murcia y Granada,
milagrosamente Algarinejo se libró de la epidemia,
aunque inesperadamente hubo alguna que otra muerte en la
fecha de 1680 por los varios terremotos que consternaron
al municipio, y la sequía. Fue justamente ese año
cuando San Dionisio de Areopajita se
eligió Patrono, para acompañar a Santa Ana.
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